迟来的伊斯兰教
伊斯兰教于10世纪传入新疆的喀什噶尔，接着便自西而东、由南往北地迅速推进着。而伊斯兰教在哈密地区的传播，可以说是姗姗来迟，大约在15世纪初。
14世纪中，哈密虽然有信仰伊斯兰教的人，但都不是本地人，而是从阿拉伯等伊斯兰国家来哈密寄居的商人，或从改信了伊斯兰教的南疆及吐鲁番来做生意的畏兀尔人。他们久住哈密，就成了哈密的土著。明代洪武十四年（1381），哈密派往明朝的第一位使臣就是回回阿老丁。据《明史》记载，“哈密力回回阿老丁来朝贡马，诏赐文绮遣往畏兀尔之地……”阿老丁即为伊斯兰教徒常用名。另外还有洪武二十五年（1392）“哈密力兀纳失里王遣回回哈孜阿里来贡马四十六匹……”的记载，这里的哈孜阿里显然是伊斯兰教的命名。
到15世纪，哈密本地已有一些人改变信仰，皈依伊斯兰教。如永乐四年（1406）哈密卫建立后，第一任指挥使马哈麻和卓就是改信伊斯兰教的畏兀尔人。“和卓”应是穆罕默德后裔的专用名，马哈麻以“和卓”自称，就证明了他的伊斯兰教徒身份。公元1439年，哈密忠顺王倒瓦答失里改信伊斯兰教，取名哈力，这是哈密王族中第一个改变宗教信仰的人。从哈力自称“苏丹”起，到末代忠顺王牙拜即再称“苏丹”，特别是牙拜即投入吐鲁番汗王怀抱之后的16世纪初，伊斯兰教在哈密有了迅速而规模很大的发展。伊斯兰教采用“圣战”和和平宣教双重方式，在畏兀尔人和蒙古人中推行伊斯兰教，最终完成了在哈密地区的伊斯兰教化的进程，并使伊斯兰教成为在哈密占统治地位的宗教。
17世纪初，伊斯兰教首领和封建领主木罕买提夏和卓家族兴起。准噶尔汗国占据哈密后，任命木罕买提夏和卓的儿子额贝都拉为达尔汗，成为准噶尔汗国在哈密的代理人。1696年额贝都拉依附清朝，并受朝廷封授。从此哈密处于哈密回王“政教合一”的政权统治下，伊斯兰教成为哈密地区维吾尔族的唯一宗教信仰，并深刻影响其精神文化生活。
在这一时期，伊斯兰教清真寺如雨后春笋，遍及哈密各地。如艾提嘎尔清真寺、主麻清真寺、新老麦德尔斯寺、陕西寺等，不仅为穆斯林提供了宗教活动场所，也成为伊斯兰建筑艺术的实体，为人们所瞻仰。
